Ballonnements après les repas, ventre gonflé, gaz gênants, diarrhées, constipation, fatigue persistante, brouillard mental…
Derrière ces signes peut se cacher un SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth), une prolifération excessive de bactéries dans l’intestin grêle.
Le SIBO représente bien plus qu’une simple gêne digestive et mérite d’être pris au sérieux.
En effet, les recherches médicales montrent des liens entre SIBO et plusieurs maladies chroniques : rosacée, fibromyalgie, diabète, parkinson, syndrome des jambes sans repos, syndrome métabolique, obésité…
Sommaire de l’article
Le SIBO, qu’est-ce que c’est ?
Le SIBO signifie Small Intestinal Bacterial Overgrowth, que l’on traduit par pullulation bactérienne de l’intestin grêle.
En clair : il y a trop de bactéries là où il devrait y en avoir très peu.
L’intestin grêle sert surtout à absorber les nutriments. Chez une personne avec un système digestif équilibré, il contient très peu de bactéries.
À l’inverse, le côlon héberge la majorité des bactéries et constitue notre microbiote. C’est ici que les bactéries fermentent les fibres et produisent des nutriments utiles.
On parle donc de SIBO quand il y a un excès de bactéries dans l’intestin grêle.
Ces bactéries vont provoquer des fermentations et des gaz en grande quantité qui sont à l’origine de symptômes gastro-intestinaux.
Le SIBO n’est pas une maladie à part entière mais la conséquence d’autres déséquilibres que nous allons voir dans cet article.
Le lien entre SIBO et syndrome de l’intestin irritable
Aujourd’hui, la plupart des troubles digestifs chroniques sont regroupés sous le diagnostic d’intestin irritable. Ce diagnostic englobe un ensemble de symptômes (ventre gonflé après les repas, gaz, alternance diarrhée–constipation, gêne abdominale) mais n’explique pas pourquoi ils apparaissent.
Les travaux du dr Pimentel montrent que chez une partie des personnes étiquetées « syndrome de l’intestin irritable », il existe une pullulation bactérienne dans l’intestin grêle.
Autrement dit, chez beaucoup de personnes avec un intestin irritable, le SIBO fait partie des causes possibles.
Les symptômes du SIBO
Les signes digestifs sont les plus fréquents :
- Ballonnements marqués, parfois dès les premières bouchées
- Sensation de ventre dur ou tendu
- Gaz abondants, souvent gênants
- Douleurs abdominales ou crampes après les repas
- Diarrhées, constipation ou alternance des deux
- Rots fréquents, digestion lente
- Reflux acide, sensation d’acidité ou de brûlure
L’intestin dialogue en permanence avec le système immunitaire, nerveux et hormonal.
Avec le temps, cette prolifération bactérienne produit des gaz et des toxines (endotoxines) qui vont perturber l’ensemble de l’organisme.
Des symptômes extra-digestifs peuvent apparaitre :
- Fatigue persistante
- Carences nutritionnelles
- Intolérances alimentaires multiples
- Migraines et maux de tête
- Douleurs articulaires
- Troubles du sommeil
- Baisse de concentration, “brouillard mental”
- Peau réactive (acné, eczéma, rougeurs)
Les causes du SIBO
Le SIBO résulte d’un ensemble de facteurs qui empêchent l’intestin grêle de se nettoyer correctement, ou qui favorisent l’arrivée et la stagnation des bactéries.
Voici les principales causes identifiées :
1. Les infections digestives (déclencheur le plus fréquent)
Quand on souffre d’une infection digestive (gastro-entérite, intoxication alimentaire, diarrhée sévère), le système immunitaire fabrique des anticorps contre les toxines du microbe.
Chez certaines personnes, ces anticorps ciblent aussi la vinculine, une protéine impliquée dans le fonctionnement des nerfs du CMM.
👉 C’est l’explication la plus documentée scientifiquement (travaux du Pr Pimentel).
Exemples de pathogènes en cause :
- Salmonella
- Escherichia coli
- Shigella
- Campylobacter
- Giardia
- Norovirus
2. Le Complexe Moteur Migrant (CMM) qui ralentit
Nous l’avons vu, le principal rôle de l’intestin grêle est d’absorber les nutriments issus de la digestion.
Quand l’absorption est terminée, il doit se débarrasser des résidus et des bactéries présents.
C’est à ce moment qu’intervient un mécanisme automatique : le Complexe Moteur Migrant (CMM).
Ce système envoie des vagues de contractions qui poussent progressivement les résidus alimentaires et les bactéries vers le côlon.
C’est notre système de nettoyage entre 2 repas : on absorbe, puis on nettoie, puis on accueille le repas suivant.
Le CMM est donc le principal mécanisme de protection contre le SIBO.
Mais quand il ralentit, les résidus restent plus longtemps dans l’intestin grêle.
Les bactéries trouvent de quoi se nourrir, se multiplient et finissent par coloniser cet espace.
Situations qui perturbent la motilité :
- stress chronique
- manque de sommeil
- repas trop rapprochés (grignotage permanent)
- infections digestives passées
- hypothyroïdie
- diabète
- certains médicaments (IPP, opioïdes, antispasmodiques, antidépresseurs tricycliques)
3. Une acidité gastrique trop faible
L’acidité de l’estomac est une barrière naturelle : elle détruit une grande partie des microbes et limite leur passage vers l’intestin grêle.
Quand l’acidité est trop basse, davantage de bactéries survivent et le risque de colonisation de l’intestin grêle augmente.
Facteurs qui abaissent l’acidité :
- âge
- stress chronique
- hypochlorhydrie fonctionnelle
- IPP pris à long terme (inhibiteur de la pompe à proton : oméprazole, pantoprazole, ésoméprazole…).
- Les IPP pris sur de longues périodes réduisent l’acidité gastrique et favorisent la prolifération bactérienne digestive. Leur usage est associé à un risque accru d’infections intestinales comme Clostridium difficile, Salmonella ou Campylobacter.
4. Une digestion incomplète
Quand la digestion est lente, les aliments ne sont pas correctement dégradés.
Ce sont alors les bactéries qui s’en nourrissent. Elles se multiplient, et la pullulation s’installe.
Cela arrive notamment quand :
- mauvaise mastication
- la bile circule mal (après ablation de la vésicule, stéatose, cholestase)
- les enzymes digestives sont insuffisantes (pancréas fatigué, troubles métaboliques)
- une vidange gastrique trop lente
5. Une dysfonction de la valve iléo-cæcale
La valvule iléo-cæcale agit comme un clapet entre la dernière partie de l’intestin grêle (iléon) et le début du côlon (cæcum). Elle laisse passer les résidus vers le côlon et empêche leur retour.
Quand la valve perd en tonicité (constipation chronique, hyperpression colique, inflammation locale, chirurgie abdominale), une partie du contenu du côlon peut remonter vers l’intestin grêle.
6. Des obstacles mécaniques
Certaines chirurgies ou inflammations provoquent des adhérences : des tissus fibreux qui collent les organes entre eux. Elles freinent la progression du bol alimentaire et créent des zones de stagnation où les bactéries prolifèrent.
Chirurgies concernées :
- appendicectomie
- chirurgie bariatrique
- césarienne
- ablation de la vésicule biliaire
- inflammations pelviennes (infection chronique, post-radiothérapie, endométriose profonde)
- radiothérapies pelviennes
Ces adhérences n’apparaissent pas toujours aux examens d’imagerie classiques, ce qui rend leur rôle souvent sous-estimé.
7. Des facteurs hormonaux
Les hormones régulent directement la motilité digestive.
Deux cas fréquents :
- Hypothyroidie
Quand la thyroïde fonctionne au ralenti, tout le tube digestif ralentit : la vidange gastrique est plus lente, l’acidité diminue et le transit devient paresseux. Les aliments stagnent, ce qui favorise la prolifération bactérienne.
- Cortisol élevé (stress chronique)
Un cortisol élevé maintient le corps en mode alerte. Le système parasympathique chargé de la digestion se met en « pause ».
La motilité diminue et le CMM s’active moins entre les repas, laissant les bactéries stagner dans l’intestin grêle.
8. Des troubles neurologiques
Le tube digestif possède un système nerveux autonome appelé système nerveux entérique.
Quand certaines atteintes neurologiques touchent ces circuits, la motilité se dérègle et l’intestin grêle n’est plus nettoyé correctement.
Voici des situations où la motilité peut être altérée :
- traumatisme crânien
- maladie de Parkinson
- sclérose en plaques
- neuropathies diabétiques
- dysautonomie / POTS (atteintes du système nerveux autonome)
Certains virus dits neurotropes peuvent aussi affecter les nerfs impliqués dans la digestion et perturber la motilité :
- herpès simplex (HSV-1, HSV-2)
- virus varicelle-zona (VZV)
- cytomégalovirus (CMV)
- Epstein-Barr virus (EBV)
- HHV-6
Le diagnostic du SIBO
L’examen le plus utilisé pour identifier un SIBO est le test respiratoire.
Le principe :
Le test respiratoire mesure les gaz produits par les microbes de l’intestin grêle quand ils digèrent un sucre.
Une production trop rapide ou trop élevée indique une pullulation.
La préparation
Dans les 48 heures qui précèdent : limiter les aliments très fermentescibles, mettre en pause probiotiques et plantes antimicrobiennes.
Le test se fait à jeun.
Le déroulement
On ingère un sucre (glucose ou lactulose).
Toutes les 15–20 minutes, on souffle dans un tube.
Les appareils analysent trois gaz : hydrogène, méthane, hydrogène sulfuré.
Interprétation du test
L’interprétation repose sur les critères définis par le consensus de Rome et par le consensus Nord-Américain
Limites du test
- Si le régime strict avant le test n’est pas respecté (48 h minimum), les mesures de gaz sont biaisées
- La vitesse du transit modifie la production et la détection des gaz et peut aboutir à des interprétations faussées
- Le glucose est absorbé tôt dans l’intestin grêle. Si la pullulation est plus loin, il y a un risque de faux négatif
👉 Le test respiratoire doit donc toujours s’analyser avec les symptômes de la personne et son historique médical (maladies, infections digestives, chirurgies?)
Les 3 types de SIBO
Selon les gaz produits par les bactéries, on observe 3 types de SIBO :
1. SIBO hydrogène (H₂)
C’est le profil le plus fréquent.
Des bactéries utilisent les sucres et les fibres des repas.
Elles libèrent beaucoup d’hydrogène.
Cet hydrogène accélère le transit.
Signes typiques :
- diarrhées ou selles molles
- gaz abondants, peu odorants
- ballonnements précoces (souvent 5 à 15 minutes après le début du repas)
- douleurs ou crampes
- fatigue après le repas
Ce profil apparaît souvent après une infection digestive qui a altéré la motilité intestinale
2. SIBO méthane (appelé aussi « IMO »)
Ici, il ne s’agit pas de bactéries, mais d’archées.
Ce sont des micro-organismes capables d’utiliser l’hydrogène pour produire un autre gaz : le méthane.
Le méthane ralentit fortement la motilité digestive.
Signes typiques :
- constipation importante
- selles dures ou sèches
- gaz odorants
- ballonnements persistants
- sensation de lourdeur même après de petites portions
Ce profil est l’un des plus tenaces, car les archées sont très résistantes.
3. SIBO hydrogène sulfuré (H₂S)
Plus rare et souvent mal identifié.
Certaines bactéries utilisent l’hydrogène et le transforment en hydrogène sulfuré, un gaz irritant pour la muqueuse.
Signes typiques :
- alternance diarrhée / constipation
- gaz ou rots à odeur d’œuf pourri
- nausées
- douleurs diffuses, parfois crampes
- hypersensibilités alimentaires marquées
Dans ce profil, les compléments (fibres, probiotiques, antifongiques) sont souvent mal tolérés
Stratégies naturelles pour le SIBO
Le SIBO ne se résout pas en éliminant les bactéries mais en adoptant une approche globale.
1. Réduire la fermentation
L’objectif est de réduire la fermentation de façon temporaire.
Voici les approches alimentaires utiles en fonction du type de SIBO :
- Pauvre en soufre : utile quand les odeurs sont fortes, rots/selles “œuf pourri”, nausées.
- Pauvre en FODMAP : utile quand les ballonnements arrivent très vite après les repas.
- Type végétarien : utile quand le transit est ralenti et qu’il existe un profil méthane.
Durée conseillée : 4 à 8 semaines.
Au-delà, le microbiote s’appauvrit, l’énergie baisse, les carences apparaissent.
2. Réduire la pullulation bactérienne
Dans cette phase, l’objectif est de réduire la population bactérienne de l’intestin grêle.
Deux options :
- Antibiotiques spécifiques (Rifaximine, metronidazole) 👉 à discuter avec son médecin
- Antimicrobiens naturels :
- Berbérine : bactéries hydrogène + effet anti-inflammatoire
- Neem : bactéries, levures, parasites
- Huile d’origan (forme encapsulée) : candidose + méthane
- Allicine (extrait d’ail concentré) : profils méthane
👉 La tolérance varie selon les profils. Les dosages doivent être progressifs.
3. Soutenir la digestion
Quand la digestion se fait mal, les aliments stagnent et les bactéries vont venir se nourrir à notre place.
Résultat : fermentation, gaz, douleurs.
3 leviers essentiels :
- Acidité gastrique
- L’acide de l’estomac est un filtre. S’il est faible, plus de microbes passent.
- La bétaïne HCL peut aider quand on soupçonne une hypochlorhydrie.
- Jamais en cas d’ulcère ou gastrite avérée.
- Enzymes digestives pendant le repas
Aident à dégrader les lipides, protéines, glucides → moins de nourriture disponible pour les bactéries. - Stimulation douce des sucs digestifs
Une petite quantité de plantes amères, de citron dilué ou de vinaigre de cidre avant le repas envoie au corps un signal de préparation à la digestion et aide l’estomac, la bile et les enzymes à se mettre en route.
4. Réparer la muqueuse intestinale
Les gaz et toxines du SIBO irritent la paroi intestinale.
Soutiens possibles :
- Glutamine : carburant direct des cellules de l’intestin.
- Zinc carnosine : effet apaisant local.
- Vitamine A et D : soutien immunitaire et régénération.
N’hésitez pas à consulter mon article sur l’hyperméabilité intestinale.
5. Restaurer la motilité intestinale (complexe Moteur Migrant)
Sans restauration de la motilité, les récidives seront fréquentes :
- Laisser 4 à 5 heures entre les repas
- Arrêt obligatoire du grignotage
- Utiliser des plantes prokinétiques qui aident à relancer la motilité : gingembre, triphala, 5-htp, mélange de plantes amères…
- exemples de compléments : iberogast, Prokine, SIBO-MMC, Motilpro…
- Stimuler le nerf vague (cohérence cardiaque, chant, rire, respiration lente…)
6. Gérer le stress chronique
Le stress chronique active le système sympathique, réduit la motilité intestinale et affaiblit la digestion.
Avant chaque repas, faire l’exercice de la respiration 5/5/5 :
- 5 secondes inspiration
- 5 secondes pause
- 5 secondes expiration
Le corps bascule en mode “digestion”.
7. Corriger les carences
Le SIBO perturbe l’absorption.
Avec le temps, les carences s’installent et entretiennent le cercle vicieux du SIBO (les cellules intestinales ont moins d’énergie pour fonctionner)
Les déficits les plus fréquents :
- Fer → fatigue, essoufflement, chute de cheveux, ongles cassants.
- Vitamine B12 → brouillard mental, picotements, baisse de motivation.
- Zinc → peau sensible, cicatrisation lente, immunité fragile.
- Vitamine D → douleurs diffuses, humeur basse, infections récurrentes.
Conclusion
Le SIBO représente un levier majeur dans l’accompagnement de nombreuses maladies chroniques.
Il résulte d’un ensemble de facteurs (motilité, acidité gastrique, santé de la muqueuse intestinale, digestion, contexte hormonal…) et nécessite une approche globale et progressive pour éviter les récidives.
C’est un sujet fondamental que nous explorons dans le parcours global nahé.
Sources
Small intestinal bacterial overgrowth in irritable bowel syndrome: a systematic review and meta-analysis — Rezaie A. et al. (2017)
Methodology and indications of H₂-breath testing in gastrointestinal diseases: Rome Consensus Conference — Gasbarrini A. et al. (2009)
A link between irritable bowel syndrome and fibromyalgia may be related to findings on lactulose breath testing — Pimentel M. et al. (2004)
Prevalence of small intestinal bacterial overgrowth in Chinese patients with Parkinson’s disease — Niz XL. et al. (2016)
Restless legs syndrome is associated with irritable bowel syndrome and small intestinal bacterial overgrowth — Weinstock LB. et al. (2011)
Etiopathogenesis of rosacea: a prospective study with a three-year follow-up — Agnoletti AF. et al. (2017)
Small intestinal bacterial overgrowth is associated with non-alcoholic fatty liver disease — Fialho A. et al. (2016)
Higher visceral-to-subcutaneous fat ratio is associated with small intestinal bacterial overgrowth — Fialho A. et al. (2016)
Obesity increases the risk of small intestinal bacterial overgrowth — Roland BC. et al. (2017)
Clinical experience with the use of anti-CdtB and anti-vinculin antibodies in patients with diarrhea in Mexico — Schmulson M. et al. (2016)